siRNA Oligo 設計軟件設計原則

siRNA Oligo 設計軟件設計原則

1． 希望軟件可以在web 上使用。 即用戶可以訪問我們的網站， 輸入基因代

碼， 即可自行在網上設計siRNA Oligo。

2． 可參照的軟件形式： 見如下網站： www.thesevenwonder.com

www.thesevenwonder.com

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3． 希望能就每一個所指定的基因找到至少四對以上可合成的雙鏈RNA oligo。

4． 軟件設計中的幾個關鍵步驟如下：

A． 進入Gene Bank 調出指定基因序列；

B． 根據(jù)特定的一些規(guī)則選出一個基因片段；

C． 再根據(jù)一些規(guī)則寫出正義和反義兩段各 21個堿基的序列；

D． 最后通過反轉，替代，空格得出最后結果。

具體設計原則：

1． 在所選基因的啟動子后 50-100個堿基自5’-端開始

2． 尋找基因序列中的23個堿基， 最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何

堿基）

3． 如果找不到四個以上AA（N19）TT，則用 AA（N21）補足。 4． 如果找不到四個以上AA（N21）， 則用 NA（N21）補足。 5． 所選定序列中，G和C的數(shù)目的總和在總數(shù)（23）的35-55%. 6． 滿足以上1-5項要求的片段數(shù)目如果不足四個，將G和C的數(shù)目的總和放

寬至總數(shù)（23）的30-70%.

7． 選好上述序列后，以此確定所需合成雙鏈RNA oligo 的序列如下： 8． 正義序列 （N19）TT 與上述選定的23 個堿基序列中的第3-23個堿基相

同

9． 反義序列的3’----5’ 的序列與目標序列中的第1-21個堿基互補， 即A變

成T，C變成G， T變成A， G變成C。

10． 將反義序列3’----5’ 改寫成 5’----3’.

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